Монникендам возник в месте, где торфяная река впадала в «хет-Алмере», сладкое внутреннее море, которое было здесь до 12 века, прежде чем оно стало Зейдерзе. Название происходит от фризских монахов, поселившихся в этой местности. Монникендам впервые упоминается в письменном документе в 1288 году и получил права города в 1356 году, что стало стартовым сигналом для дальнейшего роста. Город был расширен и обнесен стеной. От церкви, которая была построена тогда, сейчас осталась только башня, которая называется Speeltoren. После 1575 года начался период большого расцвета, о котором до сих пор напоминают многочисленные монументальные постройки. В порт могли заходить большие морские суда, что позволяло торговцам торговать с районом Балтийского моря. Монникендам, как и Эдам и Пурмеренд, принадлежал к так называемым избирательным городам провинции Голландия, что означало, что город в 16-м XVII-XVIII вв. Оказали влияние на региональном (и косвенно на национальном) уровне. XVIII и XIX века были веками застоя. Компании по переработке рыбы и судостроение оставались важными, а в 20 веке к ним добавились водные виды спорта. Монникендам всегда был независимым муниципалитетом, пока в 1991 году он не стал частью муниципалитета Уотерленд.