Примерно в 13 веке на том месте, где сейчас расположен Леммер, должно было быть поселение под названием Ленна или Лимна. Старые документы показывают, что примерно в то время уже существовала церковь. Около 1450 года Ян ван Бавария построил редут в Леммере в рамках своего плана по завоеванию всей Фрисландии. Редут был разрушен борцами за свободу через год. Через сто лет был возведен новый редут, который в конце концов был разрушен, а через пять лет в третий раз был построен мощный редут с широкими рвами вокруг него. Этот редут был разрушен по приказу Карла Пятого. В 1581 году порт Леммер начал сообщение с Голландией. После 1700 года судоходство приобрело большое значение для Леммера. В 1787 году Леммер был занят Бернардусом Елгерсмой, который прошел через него с бандой. Французский период был периодом упадка для Леммера. Основным источником дохода по-прежнему оставалась рыбная ловля. В 1825 году дамба была прорвана в четырех местах недалеко от Леммера, в результате чего было разрушено много домов и несколько жителей утонули.
В связи со строительством Афслуитдейка и мелиорацией рыболовство стало второстепенным. В настоящее время Леммер выполняет в основном центральную функцию на юге Фрисландии и на севере Флеволанда ( Нордостполдер).). Lemsterweek проводится каждый год, неделя, полная мероприятий, которая ежегодно привлекает около 85 000 человек. В Леммере строятся большие корабли, для этого очень благоприятно расположение на широкой воде. Как раз в то время, когда рыбная промышленность переживала резкий спад, водные виды спорта и отдых в Нидерландах стали популярными благодаря значительному росту благосостояния. Как и другие бывшие порты Зуйдерзе, Леммер стал важным центром водных видов спорта. Гавани были приспособлены для прогулочного плавания: моторные лодки, яхты, парусные яхты, а также корабли коричневой торговли нашли там свои причалы и сооружения. Это развитие представляет собой прекрасную новую возможность для экономики Лемстера. Помимо голландцев, Леммер также приветствует многих немецких гостей.