После этого периода Энкхёйзен столкнулся с каперскими судами из Остенде и Дюнкерка и бойкотом голландских судов в международном контексте в соответствии с «Актом навигации», изданным английским диктатором Кромвелем. В 1636 году чума унесла более 2600 жертв.
К этому добавилось начало Первой мировой войны в 1914 году и усиление позиций Амстердама за счет городов Нордерквартье. Энкхейзен потерял много капитала из-за восстановления последствий заиливания устья гавани. Различные войны вызвали резкое сокращение популяции, как и флот сельди. В последней четверти прошлого века позиции Энкхейзена снова укрепились, отчасти благодаря новому железнодорожному сообщению с Амстердамом.и интенсификация сельского хозяйства и садоводства в Западной Фрисландии. Помимо выращивания обычных семян, люди все чаще занимаются выращиванием семян цветов. Выращивание картофеля и овощей постоянно увеличивалось, и выращивание цветочных луковиц представляло хорошие перспективы. Закрытие Zuiderzee в 1932 году обеспечило разумное существование рыбакам, ловящим угря и судака. Население быстро увеличилось после Второй мировой войны, и началась эра восстановления. Развивались различные крупные и мелкие компании. Семенные компании, которые в настоящее время находятся в Энкхейзене, занимают лидирующие позиции в мире. Важная пластмассовая промышленность также находится в муниципалитете. Что касается туризма, Энкхёйзен предлагает красивый исторический центр города, музей Зуйдерзее и пристани для яхт,