Por volta do século 13, deve ter havido um assentamento chamado Lenna ou Limna no lugar onde Lemmer agora está localizado. Documentos antigos mostram que já havia uma igreja naquela época. Por volta de 1450, Jan van Bavaria construiu um reduto em Lemmer como parte de seu plano para conquistar toda a Frísia. O reduto foi destruído pelos lutadores pela liberdade após um ano. Um novo reduto foi erguido cem anos depois, que acabou sendo destruído e novamente cinco anos depois um forte reduto foi construído pela terceira vez, com canais largos ao seu redor. Este reduto foi destruído por ordem de Carlos Quinto. Em 1581, o porto de Lemmer iniciou um serviço de conexão com a Holanda. Depois de 1700, a navegação tornou-se de grande importância para Lemmer. Em 1787 Lemmer foi ocupada por Bernardus Jelgersma, que passou com uma gangue. O período francês foi um período de declínio para Lemmer. A principal fonte de renda ainda era a pesca. No ano de 1825, o dique foi rompido em quatro locais perto de Lemmer, destruindo muitas casas e afogando alguns residentes.