O local onde Hindeloopen está localizado já era habitado no século VIII e sofreu muito com os normandos. Por volta de 825, o nome ‘Hindolop’ foi usado para este assentamento em uma carta. No século XII já existia uma capela em Hindeloopen e no século XIV uma igreja. O foral da cidade data do século XIII. Como os direitos de cidade na Frísia não foram concedidos por um conde, mas foram criados ou adotados gradualmente, não se conhece a data exata em que Hindeloopen se tornou cidade. Acredita-se que a carta mais antiga da cidade data do século XIII. Temos que procurar o núcleo mais antigo do Buren, perto do paredão. A primeira extensão foi para os Jardins, onde anteriormente existiam hortas. Oude Weide (1614), Nieuwstad (iniciado em 1614) e Nieuwe Weide (iniciado em 1638) seguiram-se no século XVII. Essas ruas foram construídas na área de pastagem comunal, o Meenschar. Hindeloopen já tinha muitas relações comerciais com Lübeck e outras cidades hanseáticas na Idade Média, mas não se tornou uma cidade hanseática. Também o transporte de madeira para a Noruega e os muitos contatos comAmsterdã foi importante para o apogeu de Hindeloopen, que durou até o final do século XVII. Depois disso, o comércio e a navegação diminuíram, a população diminuiu drasticamente e a igreja foi reduzida até mesmo durante uma reforma. No final do século 19, parecia que tempos melhores estavam chegando, porque a indústria pesqueira na costa oeste da Frísia cresceu de forma explosiva. Após a construção do Afsluitdijk em 1932, o tamanho da frota pesqueira diminuiu gradualmente mais e mais, em parte devido à política de remediação do governo. Em 1970, a nova marina Hindeloopen foi construída ao lado do antigo porto. Hoje – especialmente na temporada de verão – muitos navios estão atracados em ambos os portos; barcos de recreio e navios antigos restaurados com função recreativa.