Para a criação do Mar de Wadden, temos que recuar cerca de 45.000 anos no tempo, até a última era do gelo. Toda a água do Mar do Norte ficou presa em grandes geleiras, então o nível do mar estava muito mais baixo do que é agora. O litoral da época ficava dezenas de quilômetros ao norte das atuais Ilhas Wadden. No final da Idade do Gelo, as geleiras começaram a derreter e o nível do mar aumentou. Cerca de 9.000 anos atrás, o Canal foi formado entre a França e a Inglaterra e, desde então, duas grandes correntes de inundação fluíram para o Mar do Norte duas vezes por dia , uma do sul e outra do norte.

6.000 anos atrás, o nível do mar estava apenas 5 metros abaixo do nível atual. As forças das duas correntes de maré do sul e do norte criaram uma espécie de efeito bulldozer na areia do Mar do Norte . Uma longa fileira de bancos de areia foi formada, a chamada crista da praia. Com o passar do tempo, a crista da praia se rompeu em vários lugares e a área de turfa atrás dela foi preenchida com água salgada. Uma extensa rede de sapais e pântanos e ilhas grandes e pequenas surgiu. Uma forte tempestade em 1362 criou Dollard e o Zuiderzee. Mesmo depois de 1362, muita coisa mudou na área; as ilhas ficaram maiores ou menores, ou mesmo desapareceram completamente nas ondas. O Zuiderzee e o Lauwerszee foram fechadas e áreas de sapal foram recuperadas na costa, as chamadas reclamações de terras.