Ongeveer 5.000 jaar geleden ontstonden de strandwallen die in Noord-Holland een groot deel van de Noordzeekustlijn vormen. Tussen Camperduin en Texel was deze strandwal gesloten, maar wel erg smal. Achter deze strandwal lag een veengebied dat al in de vroege middeleeuwen ontgonnen werd. Mede door deze ontginningen brak de zee tussen het jaar 1000 en 1300 op drie plaatsen door de smalle strandwal en sloeg grote delen van het achterliggende veen weg, waardoor een waddengebied ontstond met van noord naar zuid de zeegaten het Marsdiep, het Heersdiep en de Zijpe. Daartussen lagen twee resterende stukken strandwal: de eilanden Callantsoog (‘t Oghe) en Huijsduinen. In de 15e en 16e eeuw verzandden de zeegaten Zijpe en Heersdiep langzaam weer, en werd het Marsdiep juist breder en dieper. Vanaf het midden van de 16e eeuw werden verschillende mislukte pogingen ondernomen om de Zijpepolder droog te leggen. Men dacht de eerste bedijkingen zonder molens te kunnen realiseren vanwege de relatief hoge ligging van de polder, maar vanaf 1561 moesten toch molens gebruikt worden om het gebied droog te houden. De tien molens bleven gespaard bij de zware stormvloed van 1570, maar de dijken verzwakten en de polder werd weer blootgesteld aan de getijden. De molens werden afgebroken en in 1597 volgde de definitieve bedijking met een zanddijk ter hoogte van de Hondsbossche en Pettemer Zeewering en was de Zijpepolder een feit. De veel kleinere Hazepolder direct ten zuiden van Petten werd daarmee tegelijk ingepolderd. De vele molens die de Zijpe droog hielden werden tussen 1950 en 1966 buiten gebruik gesteld. In 1877 werd de zanddijk omgevormd tot een veel sterkere dijk, bedekt met basaltblokken: de Hondsbossche Zeewering. Dankzij het succes van de Zijpepolder was het gemakkelijker om investeerders te vinden voor vergelijkbare projecten en zo werden achtereenvolgens de Beemster, de Purmer, de Wormer, de Heerhugowaard en de Schermer drooggelegd. De hoofdstructuur voor de verkaveling van de Zijpepolder werd geënt op de langgerekte vorm van de polder en kreeg daardoor ook zijn kenmerkende knik. De polder werd in de lengterichting doorsneden door drie assen (linten) waarlangs boerderijen zijn gebouwd, van west naar oost de Belkmerweg, de Ruigeweg en de Grote Sloot. De locatie van de Grote Sloot werd in belangrijke mate bepaald door de aanwezigheid van de oude stroomgeul van het Sint Maartenszwin. De langgerekte blokken tussen de linten werden verdeeld in regelmatige, langwerpige kavels. Op enkele plaatsen werd de polder doorkruist door een dwarsweg en op de kruispunten van bebouwingslinten en dwarswegen ontstonden kernen. De reeksen kernen aan een dwarsweg hoorden bij elkaar, zoals Sint Maartenszee, Sint Maartensvlotbrug, Sint Maartensbrug en Sint Maarten. Tegelijkertijd kregen de plaatsnamen langs een lange as weer dezelfde uitgang, zoals Burgerbrug, Sint Maartensbrug en Schagerbrug. Aan de Grote Sloot stonden grote herenboerderijen; stolpboerderijen met een aangebouwd voorhuis, vergelijkbaar met enkele grote herenboerderijen in de latere Beemster. Ook werden door koopmannen uit Amsterdam, regenten uit Alkmaar en welgestelden uit Medemblik, Hoorn en Enkhuizen plantages en buitenplaatsen aangelegd, zoals Wildrijk en Ananas.

Omstreeks 1824 werd het Noordhollandsch Kanaal door de polder gegraven. Dit kanaal vormde de verbinding van Amsterdam naar de Noordzee en volgde deels de lijnen van de polder. In het noordelijke deel snijdt het kanaal diagonaal door de kavels in de richting van Den Helder. Vlotbruggen verbonden beide zijden van het kanaal.