Tussen Ellewoutsdijk en Terneuzen in de provincie Zeeland ligt sinds 2003 de Westerscheldetunnel, een geboorde tunnel van 6,6 kilometer lang en in technisch opzicht een uniek project. De meeste tunnels in Europa worden gebouwd in harde, rotsachtige materie. Dat lijkt moeilijker dan de zachte Westerscheldebodem, maar schijn bedriegt. Het was de eerste keer in de geschiedenis van West-Europa dat een dergelijk lange en diepe tunnel door zand en klei werd geboord. Het diepste punt van de tunnel ligt 60 meter onder de zeespiegel. Een geboorde tunnel heeft veel voordelen vergeleken met een brug of een afgezonken tunnel; schepen kunnen ongehinderd passeren, de ankers van de tunnel kunnen niet losraken en de aanleg is bovendien goedkoper.

De Westerscheldetunnel is, net als de Zeelandbrug, geen onderdeel van de Deltawerken. Wel is de tunnel als een indirect gevolg ervan te beschouwen. Het was niet mogelijk om de Westerschelde af te sluiten omdat de bereikbaarheid van de Antwerpse haven dan in het gedrang zou komen. Maar hierdoor was de verbinding tussen Zeeuws-Vlaanderen en Walcheren of Zuid-Beveland niet bijzonder goed. De Deltawerken hadden behalve voor bescherming namelijk ook gezorgd voor verbinding. Betere verbindingen betekenden een impuls voor onder andere het toerisme en de economie en die impuls ontbrak tot 2003 in de gebieden rond de Westerschelde. Tot dan moest men het doen met twee veerdiensten, een tussen Vlissingen en Breskens en een tussen Kruiningen en Perkpolder. Bij slecht weer waren deze veren echter snel uit de vaart en om dan van Middelburg naar Oostburg te komen, moest men wachten of omrijden via Noord-Brabant.