Na verloop van tijd kreeg de zee meer invloed en werden er gaten in de strandwal geslagen. Door de getijdenwerking werden de kreekgeulen uitgeslepen waardoor het zeewater steeds verder het land in kon komen. De veenlagen braken af en schoven de diepe geulen in of werden met een laag klei bedekt. De Schelde mondde, gedwongen door de vorming van de strandwallen en de hoog gelegen schorren, verder noordelijk in zee uit dan in de huidige situatie, waarschijnlijk in de buurt van het huidige Haringvliet en de Nieuwe Waterweg. Vanaf ongeveer 5.000 jaar geleden ontstond er geleidelijk een getijdengeul die uiteindelijk tot aan de Schelde reikte. Daardoor veranderde de loop van de rivier naar waar zich nu de Oosterschelde bevindt en mondde deze uit in zee tussen het huidige Domburg en Burghsluis. Aanvankelijk was de Oosterschelde een door het vlakke land slingerende rivier van een paar honderd meter breed, maar tussen 300 en 700 werd de Oosterschelde een echte getijdenstroom die geulen uitsleet en steeds breder werd. In de vroege Middeleeuwen ontstonden er meer getijdengeulen en Zeeland werd een gebied van eilanden. De zuidelijk gelegen ‘Honte’ was een van die getijdengeulen die, net als voorheen de Oosterschelde, tussen de 9e en de 12e eeuw een verbinding kreeg met de Schelde en zo de tweede monding van de rivier werd. Pas aan het eind van de 17e eeuw nam de Westerschelde het roer over en verzandde de verbinding (kreekrak) tussen de Oosterschelde en de Westerschelde.In de 6e eeuw woonden de eerste bewoners van Zeeland op de hoger gelegen oude kreekbeddingen, de zogenaamde vliedbergen of werven. Plaatsnamen als Kerkwerve herinneren hieraan. Deze oude kreekbeddingen bevatten meer zand dan het veen, klonken daardoor minder in en staken na verloop van tijd als voormalige kreekbedding boven het omringende landschap uit. De eerste dijken in Zeeland werden rond de 10e eeuw gebouwd. Aanvankelijk werden kreken afgedamd om het land te beschermen, later werden de hoger gelegen delen voorzien van ringvormige, primitieve dijken, het zogenaamde Oudland. Na 1200 werd begonnen met het indijken van de schorren met nieuwe zeeklei die in de 2.000 jaar daarvoor was afgezet, het Nieuwland. De eerste dijken waren circa drie meter hoog en werden van klei, zeegras en houten palen gebouwd. Toen de paalworm (een wormvormig schelpdier, verspreid door de toenemende scheepvaart) in 1732 massaal het hout begon aan te vreten, werd natuursteen en later beton gebruikt. Door het indijken van nieuw land werd de brede Oosterschelde weer wat smaller dan voorheen. Het water liet zich echter niet zomaar bedwingen en veel dijken zakten de diepe geulen in. Ten minste 117 dorpen, die op de inmiddels ingeklonken bodem gebouwd waren, verdwenen in het water. Deze ‘dijkvallen’ zijn onder water nog op veel plaatsen in de Oosterschelde terug te vinden en zijn populaire duikplaatsen geworden vanwege de steenformaties met rijke flora en fauna. Na de watersnoodramp in 1953 werd aanvankelijk besloten de Oosterschelde door middel van een dam geheel af te sluiten van de Noordzee. Dankzij een kleine groep mensen met hun actiegroep ‘Oosterschelde Open’ werd de bouw stilgelegd en besloot de regering in 1976 tussen de resterende vier kilometer de stormvloedkering te bouwen en zo het rijke zoutwatermilieu van de Oosterschelde te behouden.