De IJssel is uiteindelijk, vermoedelijk aan het begin van de 4e eeuw, ontstaan als een doorbraak tussen beide bekenstelsels doordat de Berkelmonding, tussen Arnhem en Doesburg en later tussen Arnhem en Zutphen, bij hoge waterstanden in de Rijn steeds meer water ging bevatten. Om hun noordelijke grens (‘limes’) te verdedigen stuwden de Romeinen bij het splitsingspunt van de Waal en de Neder-Rijn meer water naar de Neder-Rijn waardoor de watervloed door de waterscheiding en de rivierduinen heen brak en zich een weg baande naar het noorden. Het duurde daarna nog een aantal eeuwen voordat een duidelijke geul was gevormd die ook bevaarbaar was. De loop van de IJssel heeft zich daarna nog regelmatig verlegd, ook door inmenging van de mens middels kanalisatie, bedijking en verharding met kribben en stenen oevers. De laatste kanalisatie stamt uit 1959, maar nog zeer recent is ten zuiden van Kampen een bypass naar het Drontermeer gegraven. Momenteel zijn Rijkswaterstaat en de waterschappen bezig met nieuwe nevengeulen te graven die het water bij zeer hoge waterstanden sneller naar het IJsselmeer moeten afvoeren.