Na deze periode kreeg Enkhuizen te maken met kapersschepen van Oostende en Duinkerken en de boycot van de Hollandse schepen in internationaal verband, ingevolge de ‘Acte van Navigatie’ uitgevaardigd door de Engelse dictator Cromwell. De pest eiste in 1636 meer dan 2.600 slachtoffers.
Daarbij kwam nog het uitbreken van de Eerste Wereldoorlog in 1914 en de toenemende positie van Amsterdam, wat ten koste ging van de steden van het Noorderkwartier. Enkhuizen verloor veel kapitaal aan het herstel van de gevolgen van verzanding van de havenmond. Door diverse oorlogen liep het bevolkingsaantal enorm terug, alsmede de haringvloot. Gedurende het laatste kwart van de vorige eeuw versterkte de positie van Enkhuizen weer, onder andere door de nieuwe spoorwegverbinding met Amsterdam en de intensivering van de land- en tuinbouw in West-Friesland. Naast de teelt van de gebruikelijke zaden ging men zich steeds meer bezighouden met de teelt van bloemzaad. Het verbouwen van aardappelen en groente nam voortdurend toe en de bloembollencultuur bood goede vooruitzichten. De afsluiting van de Zuiderzee in 1932 verschafte voor de paling- en snoekbaarsvissers een redelijk bestaan. Het bevolkingsaantal nam na de Tweede Wereldoorlog weer snel toe een tijdperk van herstel begon. Verschillende grote en kleine ondernemingen kwamen tot ontwikkeling. De thans in Enkhuizen gevestigde zaadbedrijven nemen wereldwijd een vooraanstaande plaats in. Ook is in de gemeente een belangrijke plasticindustrie gevestigd. Op toeristisch gebied biedt Enkhuizen een fraaie historische binnenstad, het Zuiderzeemuseum en de jachthavens, die tot de drukst bezochte van Nederland behoren.