Voor het ontstaan van de Waddenzee moeten we ongeveer 45.000 jaar terug in de tijd, naar de laatste ijstijd. Al het water van de Noordzee zat vast in grote gletsjers waardoor de zeespiegel veel lager was dan hij nu is. De toenmalige kustlijn lag tientallen kilometers ten noorden van de huidige Waddeneilanden. Aan het einde van de ijstijd begonnen de gletsjers te smelten en steeg de zeespiegel. Ongeveer 9.000 jaar geleden ontstond het Kanaal tussen Frankrijk en Engeland en sindsdien stromen twee grote vloedstromen tweemaal daags de Noordzee in, een vanuit het zuiden en een vanuit het noorden.

6.000 jaar geleden lag de zeespiegel nog maar 5 meter lager dan het huidige niveau. De krachten van de twee vloedstromen uit het zuiden en het noorden zorgden voor een soort bulldozereffect op het zand in de Noordzee. Er ontstond een lange rij zandbanken, een zogenaamde strandwal. In de loop der tijd brak de strandwal op verschillende plekken door en het achterliggende veengebied stroomde vol met zout water. Er ontstond een uitgebreid netwerk van kwelders en moerassen en grote en kleine eilanden. Een zware stormvloed in 1362 zorgde ervoor dat Dollard en de Zuiderzee ontstonden. Ook na 1362 veranderde er nog veel in het gebied; eilanden werden groter of kleiner, of verdwenen zelfs helemaal in de golven. De Zuiderzee en de Lauwerszee werden afgesloten en aan de kust werden kweldergebieden ingepolderd, de zogenaamde landaanwinningen.