Het water in het Zoommeer wordt ververst door de Bathse Spuisluis, waardoor de waterkwaliteit verbetert. Bovendien zorgt het afvoeren van het water ervoor dat de waterstand niet te veel stijgt doordat grondwater vanaf het land het meer inloopt. Overtollig water uit het Zoommeer, het Volkerak en het Markiezaatsmeer komt daarom uit in de Westerschelde. Bij de aanleg van het Bathse Spuikanaal en de Bathse Spuisluis werd door Rijkswaterstaat nauw samengewerkt met deskundigen op het gebied van landschap en recreatie. Er werd een studie opgesteld naar de geschiedenis van het gebied, de natuur en de recreatiebehoeften in de omgeving. Langs het kanaal zijn brede rietbermen aangebracht, zodat de waterkering er zo natuurlijk mogelijk uitziet en zo veel mogelijk opgaat in het landschap. Bij het graven van het Bathse Spuikanaal kwam 8 miljoen m³ grond vrij, wat deels is gebruikt voor de aanleg van een ander Deltawerk, de Oesterdam. Ten westen van het Zoommeer, achter de Oesterdam, ligt de Oosterschelde. Een sluis in de Oesterdam was in eerste instantie logischer dan het graven van een kanaal, maar het Oosterscheldegebied is een beschermd natuurgebied en te veel zoet water is niet goed voor de dieren en planten. Daarom werd besloten het water uit te laten monden in de Westerschelde.