De Afsluitdijk is in de eerste plaats een waterkering maar heeft verschillende functies; van hoogwaterveiligheid, zoetwatervoorziening, ecologie, verkeer en vervoer over weg en water tot cultuurhistorie en recreatie. Om het achterliggende gebied tegen overstromingen te beschermen, moet de dijk hoog en sterk genoeg zijn om in de meest extreme omstandigheden de zee te kunnen weerstaan. De twee sluiscomplexen in de Afsluitdijk, de Stevinsluizen bij Den Oever en de Lorentzsluizen bij Kornwerderzand, voeren overtollig water af naar de Waddenzee. Dat water is afkomstig van onder andere de IJssel, een aftakking van de Rijn die zijn oorsprong vindt in Zwitserland en het IJsselmeer in stroomt. Deze sluizen worden zowel door de beroeps- als de recreatievaart gebruikt om van en naar de Waddenzee te komen en zijn erg belangrijk vanwege de bereikbaarheid van Noord-, Midden- en Oost-Nederland.

Het IJsselmeer is een belangrijke zoetwatervoorraad voor Nederland. In droge perioden kan bijvoorbeeld water voor de landbouw naar de omliggende gebieden worden gesluisd, het water wordt gebruikt als drinkwater en het heeft ecologische functies. Het is belangrijk voor veel vogel- en vissoorten. De Afsluitdijk bleek een onneembare hindernis voor vissen die van zoet naar zout water trekken, en vice versa. Daarom is aan de westkant van de schutsluis bij Den Oever een vispassage aangelegd. Bij Kornwerderzand wordt bovendien een vismigratierivier van 4 kilometer lang aangelegd die dwars door de Afsluitdijk gaat. Deze rivier zorgt ervoor dat de Waddenzee en het IJsselmeer weer met elkaar verbonden zijn en dat vissen makkelijk heen en weer kunnen zwemmen.