Intorno al XIII secolo doveva esserci un insediamento chiamato Lenna o Limna nel luogo in cui si trova ora Lemmer. Vecchi documenti hanno dimostrato che in quel periodo esisteva già una chiesa. Intorno al 1450 Jan van Bavaria costruì una ridotta a Lemmer come parte del suo piano per conquistare tutta la Frisia. Il ridotto è stato distrutto dai combattenti per la libertà dopo un anno. Cento anni dopo fu eretta una nuova ridotta, che alla fine fu distrutta e di nuovo cinque anni dopo fu costruita per la terza volta una forte ridotta, con ampi fossati intorno. Questo ridotto fu distrutto per ordine di Carlo Quinto. Nel 1581 il porto di Lemmer iniziò un servizio di collegamento con l’Olanda. Dopo il 1700, la navigazione divenne di grande importanza per Lemmer. Nel 1787 Lemmer fu occupata da Bernardus Jelgersma, che passò di lì con una banda. Il periodo francese è stato un periodo di declino per Lemmer. La principale fonte di reddito era ancora la pesca. Nell’anno 1825 la diga sfondò in quattro punti vicino a Lemmer, distruggendo molte case e annegando alcuni residenti.