Vers le 13ème siècle, il devait y avoir une colonie appelée Lenna ou Limna à l’endroit où se trouve maintenant Lemmer. Des documents anciens ont montré qu’il y avait déjà une église à cette époque. Vers 1450, Jan van Bavaria construisit une redoute à Lemmer dans le cadre de son plan de conquête de toute la Frise. La redoute a été détruite par les combattants de la liberté après un an. Une nouvelle redoute a été érigée cent ans plus tard, qui a finalement été détruite et cinq ans plus tard, une redoute forte a été construite pour la troisième fois, entourée de larges canaux. Cette redoute a été détruite sur ordre de Charles Quint. En 1581, le port de Lemmer a commencé un service de connexion avec la Hollande. Après 1700, l’expédition devint d’une grande importance pour Lemmer. En 1787, Lemmer fut occupé par Bernardus Jelgersma, qui passa avec un gang. La période française est une période de déclin pour Lemmer. La principale source de revenus était toujours la pêche. En 1825, la digue a été percée à quatre endroits près de Lemmer, détruisant de nombreuses maisons et noyant certains résidents.