Rejoindre la rébellion contre les Espagnols était un autre choix politique qui a apporté le succès pour la ville. Après la conquête de Den Briel par les Geuzen en 1572, Hoorn, avec le reste de la région, se rangea du côté de Guillaume d’Orange. Dans cette bataille, les navires Hoorn ont affronté avec succès une flotte espagnole dans le Zuiderzee. La croissance et la prospérité des Pays-Bas pendant et après la guerre de quatre-vingts ans ont également eu un effet sur Hoorn. Hoorn est devenu le centre administratif et économique de la région au nord de l’IJ. Le VOC, le WIC, mais aussi la Compagnie du Nord et l’Amirauté s’installent dans la ville. Jan Pieterszoon Coen, le célèbre skipper Bontekoe, mais aussi l’homonyme du Cap Horn, est parti du port de Hoorn. Cependant, Hoorn ne pouvait pas rivaliser avec Amsterdam. De plus en plus de navires passèrent devant Hoorn et la ville descendit lentement. Avec la fondation de la République batave après la Révolution française, toutes les fonctions administratives de Hoorn prirent fin. Au XIXe siècle, le commerce a prospéré pendant un certain temps, grâce à l’importante production agricole des environs de la ville. Le marché aux fromages de Hoorn est devenu le plus important de la province. Au XXe siècle, cette fonction de marché a de nouveau disparu, mais Hoorn est restée une ville importante pour la région. Au milieu du siècle, la ville a reçu une nouvelle fonction de « débordement » pour Amsterdam, qui éclatent aux coutures. La ville remplit désormais une fonction régionale pour l’éducation, la santé et les commerces. Hoorn tente également – avec succès – de se développer en centre touristique. Une partie de Hoorn a été reconstruite dans le village de Nagasaki Holland, au Japon.