Monnickendam se originó donde un río de turba desembocaba en ‘het Almere’, el dulce mar interior que estuvo aquí hasta el siglo XII antes de convertirse en el Zuiderzee. El nombre proviene de los monjes frisones que se establecieron en esta zona. Monnickendam se mencionó por primera vez en un documento escrito en 1288 y se le concedieron los derechos de ciudad en 1356, la señal de partida para un mayor crecimiento. La ciudad fue ampliada y amurallada. De la iglesia que se construyó entonces, ahora solo queda la torre, que se llama Speeltoren. Después de 1575 se inició un período de gran prosperidad, del que aún nos recuerdan numerosos edificios monumentales. Los grandes buques marítimos podrían hacer escala en el puerto, lo que permitiría a los comerciantes comerciar con la zona del Mar Báltico. Monnickendam, al igual que Edam y Purmerend, pertenecían a las llamadas ciudades votantes de la provincia de Holanda, lo que significaba que la ciudad en el siglo XVI, Los siglos XVII y XVIII ejercieron influencia a nivel regional (e indirectamente a nivel nacional). Los siglos XVIII y XIX fueron siglos de estancamiento. Las empresas de procesamiento de pescado y la construcción naval siguieron siendo importantes y en el siglo XX se agregaron los deportes acuáticos. Monnickendam siempre ha sido un municipio independiente, hasta que pasó a formar parte del municipio de Waterland en 1991.