Alrededor del siglo XIII debe haber existido un asentamiento llamado Lenna o Limna en el lugar donde ahora se encuentra Lemmer. Documentos antiguos han demostrado que ya existía una iglesia en esa época. Alrededor de 1450, Jan van Bavaria construyó un reducto en Lemmer como parte de su plan para conquistar toda Frisia. El reducto fue destruido por los luchadores por la libertad después de un año. Un nuevo reducto se erigió cien años después, que finalmente fue destruido y cinco años después se construyó un fuerte reducto por tercera vez, con anchos canales a su alrededor. Este reducto fue destruido por orden de Carlos V. En 1581 el puerto de Lemmer inició un servicio de conexión con Holanda. Después de 1700, el transporte marítimo se volvió de gran importancia para Lemmer. En 1787 Lemmer fue ocupada por Bernardus Jelgersma, que pasó con una pandilla. El período francés fue un período de declive para Lemmer. La principal fuente de ingresos seguía siendo la pesca. En el año 1825, se rompió el dique en cuatro lugares cercanos a Lemmer, destruyendo muchas casas y ahogando a algunos residentes.