El lugar donde se encuentra Hindeloopen ya estaba habitado en el siglo VIII y sufrió mucho por los normandos. Alrededor de 825, el nombre ‘Hindolop’ se utilizó para este asentamiento en una carta. En el siglo XII ya existía una capilla en Hindeloopen y en el siglo XIV una iglesia. La carta de la ciudad data del siglo XIII. Debido a que los derechos de ciudad en Frisia no fueron otorgados por un conde, sino que fueron creados o adoptados gradualmente, no se conoce la fecha exacta en la que Hindeloopen se convirtió en ciudad. Se cree que la carta de la ciudad más antigua data del siglo XIII. Tenemos que buscar el núcleo más antiguo del Buren, cerca del malecón. La primera ampliación fue a los Jardines, donde anteriormente había huertas. Oude Weide (1614), Nieuwstad (comenzada en 1614) y Nieuwe Weide (comenzada en 1638) siguieron en el siglo XVII. Estas calles se construyeron en el área de pasto común, Meenschar. Hindeloopen ya tenía muchas relaciones comerciales con Lübeck y otras ciudades hanseáticas en la Edad Media, pero no se convirtió en una ciudad hanseática. También el envío de madera a Noruega y los numerosos contactos conAmsterdam fue importante para el apogeo de Hindeloopen, que duró hasta finales del siglo XVII. Después de esto, el comercio y el transporte marítimo disminuyeron, la población disminuyó drásticamente y la iglesia incluso se redujo de tamaño durante una renovación. A finales del siglo XIX, parecía que se acercaban tiempos mejores, porque la industria pesquera en la costa oeste de Frisia creció explosivamente. Después de la construcción del Afsluitdijk en 1932, el tamaño de la flota pesquera disminuyó gradualmente cada vez más, en parte debido a la política de remediación del gobierno. En 1970, se construyó el nuevo puerto deportivo Hindeloopen junto al antiguo puerto. Hoy, especialmente en la temporada de verano, muchos barcos están amarrados en ambos puertos; embarcaciones de recreo y barcos antiguos rehabilitados con función recreativa.