Después de este período, Enkhuizen se enfrentó a los barcos corsarios de Ostende y Dunkerque y al boicot de los barcos holandeses en un contexto internacional, a raíz de la ‘Ley de navegación’ emitida por el dictador inglés Cromwell. La plaga cobró más de 2.600 víctimas en 1636.
A esto se suma el estallido de la Primera Guerra Mundial en 1914 y la creciente posición de Amsterdam , a expensas de las ciudades de Noorderkwartier. Enkhuizen perdió mucho capital debido a la restauración de las consecuencias del encharcamiento de la boca del puerto. Varias guerras hicieron que la población se redujera drásticamente, al igual que la flota de arenques. Durante el último cuarto del siglo pasado, la posición de Enkhuizen se fortaleció nuevamente, en parte debido a la nueva conexión ferroviaria con Amsterdam y la intensificación de la agricultura y la horticultura en Frisia Occidental. Además del cultivo de las semillas habituales, la gente se dedica cada vez más al cultivo de semillas de flores. El cultivo de patatas y hortalizas aumentó continuamente y el cultivo de bulbos de flores ofrecía buenas perspectivas. El cierre del Zuiderzee en 1932 proporcionó una vida razonable a los pescadores de anguilas y luciopercas. La población aumentó rápidamente después de la Segunda Guerra Mundial y comenzó una era de recuperación. Se desarrollaron varias empresas grandes y pequeñas. Las empresas de semillas ubicadas actualmente en Enkhuizen ocupan una posición de liderazgo a nivel mundial. En el municipio también se ubica una importante industria del plástico. En términos de turismo, Enkhuizen ofrece un hermoso centro histórico de la ciudad, el Museo Zuiderzee y los puertos deportivos,