Para la creación del Mar de Wadden tenemos que remontarnos unos 45.000 años en el tiempo, hasta la última edad de hielo. Toda el agua del Mar del Norte quedó atrapada en grandes glaciares, por lo que el nivel del mar estaba mucho más bajo de lo que es ahora. La línea costera de entonces estaba decenas de kilómetros al norte de las actuales Islas Wadden. Al final de la Edad de Hielo, los glaciares comenzaron a derretirse y el nivel del mar subió. Hace unos 9.000 años, el Canal se formó entre Francia e Inglaterra, y desde entonces dos grandes corrientes de inundación han desembocado en el Mar del Norte dos veces al día , una desde el sur y otra desde el norte.

Hace 6.000 años, el nivel del mar estaba solo 5 metros por debajo del nivel actual. Las fuerzas de las dos corrientes de marea del sur y el norte crearon una especie de efecto de excavadora sobre la arena del Mar del Norte . Se formó una larga hilera de bancos de arena, la llamada cresta de la playa. Con el tiempo, la cresta de la playa se abrió paso en varios lugares y el área de turba detrás de ella se llenó de agua salada. Surgió una extensa red de marismas y pantanos e islas grandes y pequeñas. Una fuerte marejada ciclónica en 1362 creó Dollard y Zuiderzee. Incluso después de 1362, mucho cambió en el área; las islas se hicieron más grandes o más pequeñas, o incluso desaparecieron por completo en las olas. El Zuiderzee y el Lauwerszee se cerraron y se recuperaron zonas de marismas en la costa, las denominadas reclamaciones de tierras.