Vor etwa 5.000 Jahren wurden die Strandmauern geschaffen, die einen großen Teil der Nordseeküste in Nordholland bilden. Diese Strandmauer war zwischen Camperduin und Texel geschlossen, aber sehr eng. Hinter dieser Strandmauer befand sich ein Torfgebiet, das bereits im frühen Mittelalter kultiviert wurde. Teilweise infolge dieser Rückgewinnung durchbrach das Meer zwischen 1000 und 1300 an drei Stellen den schmalen Strandkamm und zerstörte große Teile des dahinter liegenden Torfs, wodurch ein Wattengebiet mit den Gezeiteneinlässen Marsdiep, Heersdiep und Zijpe von Nord nach Süd entstand. Dazwischen befanden sich zwei verbleibende Abschnitte des Strandkamms: die Inseln Callantsoog (‘t Oghe) und Huijsduinen. Im 15. und 16. Jahrhundert verschlammten sich die Gezeiteneinlässe Zijpe und Heersdiep langsam wieder, und der Marsdiep wurde breiter und tiefer. Ab der Mitte des 16. Jahrhunderts wurden mehrere erfolglose Versuche unternommen, den Zijpepolder zu entwässern. Es wurde angenommen, dass die ersten Deiche aufgrund der relativ hohen Position des Polders ohne Mühlen realisiert werden konnten, aber ab 1561 mussten Mühlen verwendet werden, um das Gebiet trocken zu halten. Die zehn Mühlen blieben von der schweren Sturmflut von 1570 verschont, aber die Deiche schwächten sich ab und der Polder war wieder den Gezeiten ausgesetzt. Die Mühlen wurden abgerissen und 1597 folgte der letzte Damm mit einem Sanddeich am Hondsbossche und Pettemer Zeewering und der Zijpepolder war eine Tatsache. Der viel kleinere Hazepolder unmittelbar südlich von Petten wurde ebenfalls zurückerobert. Die vielen Mühlen, die den Zijpe trocken hielten, wurden zwischen 1950 und 1966 stillgelegt. 1877 wurde der Sanddeich in einen viel stärkeren Deich verwandelt, der mit Basaltblöcken bedeckt war: den Hondsbossche Zeewering. Dank des Erfolgs des Zijpepolder war es einfacher, Investoren für ähnliche Projekte zu finden, und der Beemster , der Purmer, der Wormer, der Heerhugowaard und der Schermer wurden anschließend zurückgefordert. Die Hauptstruktur für die Unterteilung des Zijpepolder wurde auf die längliche Form des Polders aufgepfropft, was ihm seinen charakteristischen Knick verlieh. Der Polder wurde in Längsrichtung von drei Achsen (Bändern) geschnitten, entlang derer Farmen gebaut wurden, von West nach Ost der Belkmerweg, der Ruigeweg und der Grote Sloot. Die Lage des Grote Sloot wurde maßgeblich durch das Vorhandensein des alten Stromkanals des Sint Maartenszwin bestimmt. Die länglichen Blöcke zwischen den Bändern wurden in regelmäßige, längliche Lose unterteilt. An einigen Stellen wurde der Polder von einer Kreuzung überquert und an den Kreuzungen von Entwicklungsbändern und Kreuzungskernen entstanden Kerne. Die Reihe von Kernen an einer Kreuzung gehörte zusammen, wie Sint Maartenszee, Sint Maartensvlotbrug, Sint Maartensbrug und Sint Maarten. Gleichzeitig erhielten die Ortsnamen entlang einer Längsachse wieder den gleichen Ausgang wie Burgerbrug, Sint Maartensbrug und Schagerbrug. Auf dem Grote Sloot standen große Bauernhäuser; traditionelle Bauernhäuser mit angeschlossenem Vorderhaus, vergleichbar mit einigen großen Herrenhäusern in den späterenBeemster . Kaufleute aus Amsterdam , Regenten aus Alkmaar und wohlhabende Leute aus Medemblik , Hoorn und Enkhuizen bauten ebenfalls Plantagen und Landgüter wie Wildrijk und Ananas.

Der Noordhollandsch Kanaal wurde um 1824 durch den Polder gegraben. Dieser Kanal bildete die Verbindung von Amsterdam zur Nordsee und folgte teilweise den Linien des Polder. Im nördlichen Teil schneidet der Kanal diagonal durch die Grundstücke in Richtung Den Helder. Floßbrücken verbanden beide Seiten des Kanals.