Monnickendam entstand dort, wo ein Torffluss in ‚het Almere‘ floss, das süße Binnenmeer, das noch bis zum 12. Jahrhundert hier war, bevor es zur Zuiderzee wurde. Der Name stammt von den friesischen Mönchen, die sich in dieser Gegend niedergelassen haben. Monnickendam wurde erstmals 1288 in einem schriftlichen Dokument erwähnt und erhielt 1356 die Stadtrechte, das Startsignal für weiteres Wachstum. Die Stadt wurde erweitert und ummauert. Von der damals erbauten Kirche ist heute nur noch der Turm übrig, der Speeltoren genannt wird. Nach 1575 begann eine Zeit großen Wohlstands, an die uns noch zahlreiche monumentale Gebäude erinnern. Große Seeschiffe könnten im Hafen einlaufen und den Händlern den Handel mit dem Ostseeraum ermöglichen. Monnickendam gehörte wie Edam und Purmerend zu den sogenannten Wahlstädten der Provinz Holland, was bedeutete, dass die Stadt im 16. Das 17. und 18. Jahrhundert übten Einfluss auf die regionale (und indirekt auf nationaler) Ebene aus. Das 18. und 19. Jahrhundert waren Jahrhunderte der Stagnation. Fischverarbeitungsunternehmen und Schiffbau blieben wichtig und im 20. Jahrhundert kamen Wassersportarten hinzu. Monnickendam war schon immer eine unabhängige Gemeinde, bis es 1991 Teil der Gemeinde Waterland wurde.