Um das 13. Jahrhundert muss es an der Stelle, an der sich Lemmer heute befindet, eine Siedlung namens Lenna oder Limna gegeben haben. Alte Dokumente zeigen, dass es zu dieser Zeit bereits eine Kirche gab. Um 1450 baute Jan van Bavaria in Lemmer eine Redoute, um ganz Friesland zu erobern. Die Redoute wurde nach einem Jahr von Freiheitskämpfern zerstört. Hundert Jahre später wurde eine neue Redoute errichtet, die schließlich zerstört wurde, und fünf Jahre später wurde zum dritten Mal eine starke Redoute mit breiten Kanälen gebaut. Diese Redoute wurde auf Befehl Karls des Fünften zerstört. 1581 nahm der Hafen von Lemmer einen Verbindungsdienst mit Holland auf. Nach 1700 wurde die Schifffahrt für Lemmer von großer Bedeutung. 1787 wurde Lemmer von Bernardus Jelgersma besetzt, der mit einer Bande durchging. Die französische Zeit war für Lemmer eine Zeit des Niedergangs. Die Haupteinnahmequelle war nach wie vor die Fischerei. Im Jahr 1825 wurde der Deich an vier Stellen in der Nähe von Lemmer durchbrochen, wodurch viele Häuser zerstört und einige Bewohner ertränkt wurden.