Der IJssel wurde schließlich, vermutlich zu Beginn des 4. Jahrhunderts, als Durchbruch zwischen den beiden Bachsystemen geschaffen, da die Berkelmündung zwischen Arnhem und Doesburg und später zwischen Arnhem und Zutphen immer mehr Wasser auf hohem Wasserstand im Rhein enthielt. Um ihre nördliche Grenze („Limetten“) zu verteidigen, drängten die Römer an die Kreuzung der Waalund der Neder-Rijn mehr Wasser zum Neder-Rijn, wodurch die Wasserflut die Wasserscheide und die Flussdünen durchbricht und ihren Weg nach Norden macht. Es dauerte dann mehrere Jahrhunderte, bis ein klarer Kanal gebildet wurde, der auch schiffbar war. Der Verlauf des IJssel hat sich in der Folge regelmäßig geändert, auch aufgrund der Störung des Menschen durch Kanalisierung, Deiche und Pflasterung mit Buhnen und Steinbänken. Die letzte Kanalisierung stammt aus dem Jahr 1959, aber erst kürzlich wurde südlich von Kampen eine Umgehungsstraße zum Drontermeer gegraben. Derzeit Rijkswaterstaat und das Wasser auf neuen Sekundärkanälen, um das Wasser bei sehr hohem Wasser zu graben, um schneller in das IJsselmeer abzulassen.