Der Aufstand gegen die Spanier war eine weitere politische Entscheidung, die der Stadt Erfolg brachte. Nachdem Den Briel 1572 von den Geuzen erobert worden war, stellte sich Hoorn zusammen mit dem Rest der Region auf die Seite Wilhelms von Oranien. In dieser Schlacht nahmen Hoorn-Schiffe erfolgreich eine spanische Flotte in der Zuiderzee auf. Das Wachstum und der Wohlstand der Niederlande während und nach dem Achtzigjährigen Krieg wirkten sich auch auf Hoorn aus. Hoorn wurde das administrative und wirtschaftliche Zentrum des Gebiets nördlich des IJ. Die VOC, die WIC, aber auch die North Company und die Admiralität ließen sich in der Stadt nieder. Jan Pieterszoon Coen, der berühmte Skipper Bontekoe, aber auch die Namensgeber von Kap Hoorn, verließ den Hafen von Hoorn. Hoorn konnte jedoch nicht mit Amsterdam mithalten. Immer mehr Schiffe fuhren an Hoorn vorbei und die Stadt ging langsam bergab. Mit der Gründung der Batavischen Republik nach der Französischen Revolution endeten alle Verwaltungsfunktionen von Hoorn. Im 19. Jahrhundert blühte der Handel dank der großen landwirtschaftlichen Produktion in der Umgebung der Stadt für eine Weile. Der Hoorn-Käsemarkt wurde zum wichtigsten in der Provinz. Im 20. Jahrhundert verschwand diese Marktfunktion wieder, aber Hoorn blieb eine wichtige Stadt für die Region. In der Mitte des Jahrhunderts erhielt die Stadt eine neue Funktion als „Überlauf“ für Amsterdam, die aus allen Nähten platzten. Die Stadt erfüllt jetzt eine regionale Funktion für Bildung, Gesundheitswesen und Geschäfte. Hoorn versucht auch – erfolgreich – sich zu einem Touristenzentrum zu entwickeln. Ein Teil von Hoorn wurde im japanischen Nagasaki Holland Village rekonstruiert.