Für die Entstehung des Wattenmeeres müssen wir etwa 45.000 Jahre zurückgehen, bis zur letzten Eiszeit. Das gesamte Wasser in der Nordsee war in großen Gletschern eingeschlossen, sodass der Meeresspiegel viel niedriger war als jetzt. Die damalige Küste lag zehn Kilometer nördlich der heutigen Watteninseln. Am Ende der Eiszeit begannen die Gletscher zu schmelzen und der Meeresspiegel stieg an. Vor ungefähr 9.000 Jahren wurde der Kanal zwischen Frankreich und England gebildet, und seitdem sind zweimal täglich zwei große Flutströme in die Nordsee geflossen , eine aus dem Süden und eine aus dem Norden.

Vor 6.000 Jahren lag der Meeresspiegel nur 5 Meter unter dem aktuellen Niveau. Die Kräfte der beiden Gezeitenströmungen aus dem Süden und dem Norden erzeugten eine Art Bulldozer-Effekt auf den Sand in der Nordsee . Es bildete sich eine lange Reihe von Sandbänken, eine sogenannte Strandmauer. Im Laufe der Zeit brach an verschiedenen Stellen der Strandkamm durch und der Torfbereich dahinter wurde mit Salzwasser gefüllt. Es entstand ein ausgedehntes Netz von Salzwiesen und Sümpfen sowie großen und kleinen Inseln. Eine schwere Sturmflut im Jahr 1362 schuf Dollard und die Zuiderzee. Auch nach 1362 änderte sich in der Gegend viel; Inseln wurden größer oder kleiner oder verschwanden sogar vollständig in den Wellen. Die Zuiderzee und die Lauwerszee wurden geschlossen und Salzwiesengebiete an der Küste zurückerobert, die sogenannten Landgewinnungen.