Der Afsluitdijk ist in erster Linie ein Hochwasserschutz, hat aber verschiedene Funktionen; von Hochwasserrisikomanagement, Süßwasserversorgung, Ökologie, Verkehr und Transport auf Straße und Wasser bis hin zu Kulturgeschichte und Erholung. Um das Gebiet dahinter vor Überschwemmungen zu schützen, muss der Deich hoch und stark genug sein, um dem Meer unter extremsten Bedingungen standzuhalten. Die beiden Schleusenkomplexe im Afsluitdijk, die Stevinsluizen in Den Oever und die Lorentz-Schleusen in Kornwerderzand, leiten überschüssiges Wasser in das Wattenmeer ab . Das Wasser kommt aus der IJssel , einem Seitenarm des Rheins , dass sein Ursprung in der Schweiz und dem IJsselmeer.fließt ein. Diese Schleusen werden sowohl von Berufs- als auch von Freizeitschiffen zum und vom Wattenmeer benutzt und sind aufgrund der Zugänglichkeit der nördlichen, mittleren und östlichen Niederlande sehr wichtig.

Das IJsselmeer ist eine wichtige Süßwasserversorgung für die Niederlande. In Trockenperioden kann beispielsweise Wasser für die Landwirtschaft in die Umgebung geleitet werden, das Wasser wird als Trinkwasser verwendet und hat ökologische Funktionen. Es ist wichtig für viele Vogel- und Fischarten. Der Afsluitdijk erwies sich als uneinnehmbares Hindernis für Fische, die von Süß- zu Salzwasser wandern und umgekehrt. Aus diesem Grund wurde an der Westseite der Schleuse in Den Oever eine Fischpassage gebaut. Außerdem wird in der Nähe von Kornwerderzand ein 4 Kilometer langer Fischwanderungsfluss gebaut, der den Afsluitdijk überquert. Dieser Fluss sorgt dafür, dass der Wattenmeer und der IJsselmeer wieder miteinander verbunden sind und die Fische leicht hin und her schwimmen können.